Prévue par la constitution du 11 décembre 1990, c'est la loi n°93-031 du 10 août 1999 portant loi organique de la haute cour de justice qui régie cette institution. Cette loi définit aussi bien la compétence de l'institution, que son organisation. Elle dispose également d'un règlement intérieur qui précise les modalités d'application des dispositions de la loi la régissant.
" La Haute Cour de Justice est compétente pour juger le Président de la République et les membres du Gouvernement à raison de faits qualifiés de haute trahison, d'infractions commises dans l'exercice ou à l'occasion de l'exercice de leurs fonctions, ainsi que pour juger leurs complices en cas de complot contre la sûreté de L'Etat " stipule l'article 136 de la constitution béninoise du 11 décembre 1990 qui définit ainsi la compétence de l'institution. Pour ce qui relève de sa composition, elle regroupe des membres de la Cour Constitutionnelle, à l'exception de son Président, six députés élus par l'Assemblée Nationale et le Président de la Cour Suprême. La procédure devant la haute cour de justice diffère de celle suivie devant les autres juridictions. Aux termes de l'article 15.1 du chapitre III de la loi organique, " La décision de poursuite du Président de la République et des membres du Gouvernement est votée à la majorité des 2/3 des députés composant l'Assemblée Nationale ". A l'issu de ce vote qui revêt la forme d'une autorisation de poursuite, l'instruction est menée par les magistrats de la Chambre d'Accusation de la Cour d'Appel ayant juridiction du siège de l'Assemblée Nationale. Lors de ses audiences qui sont publiques, la haute cour de justice délibère valablement en présence d'au moins neuf de ses membres. Ces décisions qui sont des arrêts sont publiées au journal officiel.
