Le chef de l'Etat a tenu ce 21 juin 2015 une séance de travail avec les acteurs du port de Cotonou pour régler la situation de crise née de l'augmentation des frais de déclaration de dédouanement unique à 5000 francs contre 590 francs précédemment appliqués . A l'issue des échanges qui se sont déroulées dans les locaux de la direction générale du Port Autonome de Cotonou, le Président Boni Yayi a ordonné la suspension provisoire de cette décision et la mise en place d'une commission pour faire la lumière sur la question.
La décision décriée se justifie selon la Ccib (Chambre de Commerce et d'Industrie du Bénin). Elle devrait permettre au Bénin de se conformer à des engagements internationaux. De plus, selon la Ccib, les prix pratiqués dans certains pays de la sous-région sont plus ou moins élevés par rapport à celui du Bénin. Les frais de déclaration de dédouanement unique seraient de 15 000 en Côte d'Ivoire, 10 000 au Togo et 1000 francs au Mali. Un argument balayé du revers de la main par les transitaires mandataires qui ont confié à l'assistance que la déclaration serait par exemple à 250 francs actuellement au Togo.
Cette contradiction des vues a motivé le chef de l'Etat à ordonner sur le champ la suspension provisoire de l'application de cette augmentation et la mise en place d'une comission pour analyser la question. Mais déjà, Boni Yayi n'a pas caché son incompréhension face à la décision de la Ccib. Pour lui, une telle décision devait être prise en conseil des ministres et non par arrêté consulaire. Et la décision d'augmentation des frais risque de fausser la concurrence entre le Port de Cotonou et les autres ports de la sous-région. Le nouveau Premier ministre chargé du Développement économique, Lionel Zinsou quant à lui, pense qu'il est important ''que toutes les parties prenantes trouvent rapidement le consensus dont on a besoin''. Lionel Zinsou a par ailleurs invité toutes les parties à se départir de leurs ambitions corporatistes au profit de l'intérêt général. ''Nous devons à tous les citoyens béninois notamment aux jeunes d'avoir à tous le port le plus efficace possible. A la fin c'est dans l'intérêt de toutes les corporations qui participent au travail sur le port".
De son côté, le directeur général du Port autonome de Cotonou, s'est montré préoccupé par la mauvaise publicité que constitue pour le port les contestions bruyantes. Samuel Batcho a exhorté les transitaires à savoir raison garder même quand une mesure leur fait grief.